处理物业楼顶违建的方法是：由县级以上地方人民政府房地产行政主管部门责令限期改正，给予警告并处5万元以上20万元以下的罚款。违章搭建的行为构成了对物业服务合同的违约，物业公司拒绝拆除的业主可以提起诉讼。法律依据：《物业管理条例》第六十四条　违反本条例的规定，有下列行为之一的，由县级以上地方人民政府房地产行政主管部门责令限期改正，给予警告，并按照本条第二款的规定处以罚款；所得收益，用于物业管理区域内物业共用部位、共用设施设备的维修、养护，剩余部分按照业主大会的决定使用：（一）擅自改变物业管理区域内按照规划建设的公共建筑和共用设施用途的；（二）擅自占用、挖掘物业管理区域内道路、场地，损害业主共同利益的；（三）擅自利用物业共用部位、共用设施设备进行经营的。个人有前款规定行为之一的，处1000元以上1万元以下的罚款；单位有前款规定行为之一的，处5万元以上20万元以下的罚款。
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1、首先应收集有力证据，通过业主委员会向物业管理部门郑重通报；2、若物业管理部门置之不理或无作为，可向当地住建委申诉。
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业主维权方式主要有以下几种：　　（一）、行政途径，业主可向当地政府的建设行政部门、消费者权益保护协会、质量监督部门反映。　　（二）、法律途径。１．对当地房地产行政主管部门提起行政复议、行政诉讼。２、对开发商、物业管理公司提起民事上的违约或侵权之诉。