年终奖应计入经济补偿金基数。依据《劳动合同法》，经济补偿按工作年限计算，月工资为解除前12个月平均工资，不含年终奖可能导致补偿不公。
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年终奖需补偿。操作如下：1.核查员工合同及年终奖发放规定；2.按工作年限计算经济补偿金，将年终奖纳入基数；3.与员工协商补偿方案；4.若协商不成，准备法律材料，通过法律途径解决。
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处理年终奖补偿的常见方式是协商或诉讼。建议先与员工协商，达成一致；若协商无果，可通过法律途径解决，确保双方权益。