工厂年底结清工资不合法。依据《劳动法》，工资应按月支付，不得拖欠。长期拖欠可能导致员工生活困难，影响社会稳定。
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工厂应按月发工资。处理方式：1. 与工厂协商，要求按时支付；2. 若协商无果，收集证据向劳动监察部门投诉；3. 仍无法解决，可申请劳动仲裁，通过法律途径维权。
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工厂应按月支付工资。如遇拖欠，员工可先与工厂协商，协商无果可向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。选择方式需根据具体情况和证据充分性决定。